1945年第二次世界大战结束后，吉隆坡中医界同人廖沛如、黄守廉、雷家炎、饶师泉、岑君任、许第才、王进洪、叶荪伯、罗可人等为发扬数千年之中医学术，乃倡组学会借以团结感情。是年12月19日，假成记酒家，召开成立大会，定名为雪兰莪中国医学会，同时创编《医学新声》季刊。

随后扩大范围，以雪兰莪中国医学会会员为基干，号召马来亚中部各州的中医同道共同参与。即于1948年宣告成立中马中医师公会。 1988年, 本会为了更有效发扬中医药及更方便与国际中医团体来往，决定易名为“马来西亚中医师公会”。本会身为专业的中医师团体，从多管道积极发展我国中医药事业，包括创办中医教育，培训中医接班人，提高我国的中医学术水平。

1990年8月5日，本会为了加强针灸学术交流，成立了马来西亚中医师针灸专业学会。该学会于1990年12月4日被世界针灸学会联合会接受为会员。

2004年12月，马来西亚卫生部成立传统与辅助医药部门规管我国传辅医疗，并正式委任本会为执业医师团体的地位，有权鉴定及发出“中医执业行医证”于合格中医师。

为回馈社会，本会于2014年起定期每月举办社区义诊活动，派出数位医师为该地居民提供免费诊疗服务。另外，本会为减轻民众的负担，辖下中华施诊所及中华中医院推出全马首家全免无收费标准施针施药的服务。于2015年4月1起与马来西亚消费税的政策同步进行。

由于本会会务逐渐提升，于2015年升格为“马来西亚中医总会”，同时保留马来西亚中医师公会名称。

2015年5月28日，本会邀请马来西亚首相署部长，拿督魏家祥博士为本会官方网站主持启用仪式。官方网站的成立促进本会与会员之间的联系，让本会能将政府部门的官方资讯传达予会员，同时大众可通过官网搜索各地区的中医师。

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