肱二头肌长头肌腱炎的治疗主要分为非手术疗法和手术疗法两大类。
（1）非手术疗法：急性发作期一般采用使肌腱松弛、制动休息的方式，通常用三角巾悬吊患侧上肢，使肘关节保持屈曲90°。同时，可口服非甾体类消炎镇痛药，或进行结节间沟封闭治疗（用强的松龙5毫克加1%普鲁卡因或利多卡因3毫升作鞘内注射，每周1次，共2～3次）。另外，也可采用理疗或按摩促进炎症消退，缓解症状。理疗一般采用超声波、超短波等，按摩手法以局部轻轻弹拨肱二头肌长头肌腱为主。针灸对本病的镇痛效果也较好，通常采用捻转提插法针刺肩三穴（肩前、肩髃、肩髎）等穴位。在急性期疼痛缓解、炎症消散后，可开始功能锻炼（功能锻炼的方法参考前面介绍的肩周炎体疗方法）。大多数病人经过上述治疗均可获得较好的效果，需要手术治疗的病人相对较少。
（2）手术治疗：对于慢性疼痛、症状持久、反复作的肱二头肌长头肌腱炎病人可考虑用手术方法予以治疗。具体的手术治疗适应证为：①长时间、持续性、顽固性疼痛，非手术治疗无效。②肱二头肌长头腱已发生结节间沟内粘连，阻碍肌腱的滑动功能。③已形成骨性纤维化、鞘管内骨赘并造成狭窄。④长头腱变性，部分纤维断裂。手术的目的是保证肱二头肌肌腱滑动装置在结节间沟内活动。最常用的方法是将肱二头肌长头腱起点转移到喙突。手术以后用颈腕吊带固定，并在疼痛缓解后随即开始功能锻炼。一般手术后次日即可开始在颈腕吊带保护下作摆动运动练习，每日3～4次，相应配合理疗。术后第5日拆除颈腕吊带，增加肩关节各方向活动范围，一般以感到稍有疼痛处作为关节活动范围的终点。3周后鼓励病人作患侧上臂的正常活动。一般术后3～4个月患肩可完全恢复正常功能。