肩关节之所以能完成许多复杂而和谐的运动，除了上述骨关节和肌肉的共同作用之外，另外一个重要的解剖基础是肩关节周围存在着许多特殊的滑囊。丰富的滑囊可以有效地减少关节与肌腱活动时的摩擦，扩大肩关节的活动范围
肩关节滑囊中最重要的一个是肩峰下滑囊。肩峰下滑囊位于冈上肌之上，介于冈上肌和其覆盖肌三角肌、肩峰突和喙肩韧带之间。在成人，肩峰下滑囊往往与邻近功能相同的三角肌下滑囊互相交通、融合。因此，可将两者视为一个整体。肩峰下滑囊及周围疏松组织介于肩部浅、深层肌肉之间，对肩关节的滑动十分有利，尤其是在肩关节的外展活动中使得肱骨大结节顺利地在肩峰下进行外展活动。
肩峰下滑囊常随着年龄的增加而发生退行性改变。一般40岁以上的人，肩峰下滑囊易发生萎缩、变性或囊壁增厚，甚至可产生粘连而将囊腔分为数个腔隙。这些病理改变可使肩关节活动受到较大影响。肩峰下滑囊一旦发生炎症时，囊内滑液渗出增多，如同时伴有肩袖破裂，滑囊可与肩肱关节腔相通，滑液可在两者之间互相流动。上臂悬垂时，滑液流入肩肱关节腔内，肿胀不明显；而当上臂抬举时，滑液又重新流回滑囊，则可见明显隆起。抬臂时由于肱骨大结节与肩峰摩擦，引起疼痛。但在外展开始与外展超过90度时，因为大结节不与肩峰接触，疼痛可顿时消失。
除了肩峰下滑囊之外，肩关节周围还有位于肩胛下肌腱之下的肩肱关节滑膜突起部的肩胛下滑囊，及位于胸大肌、背阔肌、大圆肌等在肱骨上的止点附近的与肌肉同名的肌腱下滑囊。这些滑囊也都起着便于肩关节活动的作用。